โรงเรียนบ้านสา ได้กำหนดการบริหารงานตามภารกิจหลัก ทั้ง 4 ด้าน โดยเน้นการมีส่วนร่วมของคณะครูผู้รับผิดชอบ และคณะกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน คณะกรรมการที่ปรึกษา ตลอดจนสภานักเรียน โดยมีอนุกรรมการดำเนินงานทุกด้าน 

ซึ่งประกอบด้วยครู และคณะกรรมการ ตัวแทนชุมชน ตัวแทนผู้ปกครอง ตัวแทนศิษย์เก่า ผู้แทนทางศาสนา